對男性不育癥有各種不同的分類方法。常有人根據精液化驗結果將男性不育癥分為少精子癥、弱精子癥、畸形精子癥、無精子癥等；還有人將其分為性功能障礙性不育癥、精液異常性不育癥、無精子癥等。以上分類方法不是流于表面，就是含糊籠統。為此，WHO提出了以病因診斷為依據的分類方法，這一分類方法是目前世界上最為權威的男性不育癥診斷分類方法，它把男性不育癥分為16類：
　　(1)性交和／或射精功能障礙

　　(2)免疫學病因

　　(3)原因不明

　　(4)單純性精漿異常

　　(5)醫源性病因

　　(6)全身性病因

　　(7)先天性異常

　　(8)后天獲得性睪丸損傷

　　(9)精索靜脈曲張

　　(10)男性副性腺感染

　　(11)內分泌病因

　　(12)特發性少精子癥

　　(13)特發性弱精子癥

　　(14)特發性畸形精子癥

　　(15)梗阻性無精子癥

　　(16)特發性無精子癥