原發性生殖器皰疹感染潛伏期約為3～5天，患部先有燒灼感，出現紅斑，很快在紅斑的表面發生3～10個成簇分布的小水皰，數日后成為小膿皰，破潰后形成糜爛面和淺潰瘍，局部紅腫，有燒灼樣疼痛。女性病人多發生于陰唇、肛門周圍、陰道，但約90%的病人可同時侵犯子宮頸引起子頸炎或子宮炎；男性病人多發生于龜頭、冠狀溝、尿道口或陰莖體，有時可并發尿道炎。大多數患者有雙側腹股溝淋巴結腫大。