HSV是一種病毒，即單純皰疹病毒。
　　
　　認識病毒及其如何生長繁殖是認識生殖器皰疹的關鍵。作為細胞內寄生的微生物，病毒不能獨立生存，而是完全依賴感染的宿主細胞生存。病毒和細菌是引起人類感染的最常見的微生物，但細菌個體較大和相對獨立。這些因素使得細菌較容易分離和消滅。
　　
　　病毒感染的過程
　　
　　病毒常通過皮膚的裂紋或通過口腔和生殖器部位粘膜侵入人體。一旦進入人體細胞，病毒就能利用宿主細胞的物質繁殖（這被稱為復制）。在這一過程中，細胞被破壞。正是由于宿主細胞的破壞，從而產生了皰疹發作的特征性體征（水皰等）和癥狀（麻刺感、疼痛等）。
　　
　　除了進入和破壞感染部位的細胞外，病毒顆粒還進入感染部位的感覺神經纖維，并進而上行至神經纖維的起始端。感覺神經纖維攜帶有令人感覺疼痛、觸覺、冷覺、光感等的信號。感覺神經纖維起始于小的神經細胞叢，又被稱為感覺神經節。在顏面皰疹患者中，病毒定居在位于顱底的一個神經節內，患者被稱為三叉神經節。在生殖器皰疹患者中，病毒進入位于脊髓尾部附近的骶神經節內。一旦病毒到達神經節中，它就能一直存在那里從而與感染者終生相伴。在神經節中，單純皰疹病毒可定期地再活動，病毒顆粒沿神經纖維下行至皮膚或粘膜，從而引起復發癥狀。
　　
　　單純皰疹病毒不是與我們當中的許多人一起生活的唯一病毒。有過水痘病史的人是水痘 - 帶狀皰疹病毒的宿主，這種病毒多處于靜止狀態，但極少數情況下可再活動。
　　
　　單純皰疹病毒 (HSV)分為2型：HSV-1和HSV-2.HSV-1型常引起口唇和角膜皰疹；HSV-2型則引起生殖器皰疹,而且主要通過直接接觸病灶(性接觸)而傳播,并導致皮膚病變.
　　
　　初次感染 HSV 的時間常不明確 . 第一次出疹后 ,HSV 在神經節內潛伏。 皰疹可被下列因素誘發：過度曝曬陽光 , 發熱性疾病 , 身體勞累或情緒緊張以及免疫抑制 . 其誘發機制不明 . 復發病癥一般輕于原發病癥 .
　　
　　一旦病毒進入人體，人體能夠產生抵抗該病毒的抗體。抗體存在于血流中，對于人體的自然防御（免疫反應）非常重要。在皰疹初次發作后的數周內，抗體可持續產生。
　　
　　對于生殖器皰疹而言，抗體有助于使得復發癥狀比初發時更輕微。有趣的是，在從來沒有生殖器皰疹發作病史的人中，從其血液檢出抗體的情況很常見。在這些人中，有可能是皰疹發作如此輕微以致患者未能覺察到皰疹的發生，或者是這種發作被診斷為其它疾病，或者發作完全無癥狀而因此未被識別。
　　
　　生殖器皰疹感染發生在與患有活動性皰疹的性伴的性接觸之時，此時生殖器暴露在了病毒中，無論是生殖器性交還是口交均可引起。
　　
　　初次發作被稱為初發或原發感染。在這一階段，一些病毒進入到了神經節。隨后的發作被稱為復發，發生在病毒在神經節中復制之時，釋放的病毒顆粒沿神經纖維回到初發感染部位。
　　
　　在女性中，最常受感染的生殖器部位是外陰和陰道入口處，有時皰疹也發生于宮頸。在男性中，皰疹最常見于龜頭（陰莖末端）、包皮和陰莖干，有時也發生于睪丸。少數情況下，皰疹可發生男性和女性的肛周、臀部和股部上段。