大多數宮外孕的主要發生原因是因為輸卵管出了問題。凡因種種原因推遲或阻止孕卵到子宮的正常運行，使孕卵受阻于輸卵管內，即可發生宮外孕。對此玉林新博醫院婦科的金醫師提醒：有炎癥的女性更要警惕宮外孕。

慢性盆腔炎是最常見的干擾受精卵正常運行的因素，是宮外孕的常見和主要原因。引起輸卵管炎的病因主要是引起性傳播疾病的病原體，常見有淋球菌和沙眼衣原體。炎癥使輸卵管粘膜粘連、狹窄、不規則，這些病理改變導致輸卵管壁肌肉蠕動減弱，從而影響孕卵的運送。孕卵在輸卵管中被阻滯，即可能就地著床發育，發生輸卵管妊娠。

闌尾炎穿孔是宮外孕的另一高危因素，闌尾穿孔形成闌尾周圍膿腫，累及輸卵管損害，阻塞了輸卵管，使宮外孕的危險性增加2倍。

有過宮外孕病史者，再次發生宮外孕的概率就較高。宮外孕治療時保留輸卵管者，再發生宮外孕的比例較高，但重復宮外孕也常發生在對側輸卵管，提示可能兩側輸卵管都存在同一種潛在的功能障礙。

人工流產與宮外孕肯定有關，其危害性增加1倍。人流次數越多，宮外孕的危險越大。盆腔子宮內膜異位癥也可能是宮外孕的危險因素。

近年來認為，吸煙可能是發生宮外孕的一個獨立的危險因素。尼古丁能引起輸卵管纖毛的逆蠕動而打亂輸卵管的正常活動，推遲卵細胞進入子宮或推遲胚泡的形成和種植。此外，吸煙還增加盆腔炎的危險性，導致輸卵管的解剖結構異常，從而使吸煙者增加了發生宮外孕的危險性。