醫師指出，肛瘺的治療是根據瘺管深淺、曲直、可選用掛線療法、 肛瘺切開或切除術。

　　但是在臨床實際操作中，掛線療法很少用來治療低位肛瘺，多用于治療高位性肛瘺。少數可行低位肛瘺切除后一期縫合或游離植皮，治療低位肛瘺時都對機體造成了創傷，同手術治療沒有本質區別，或者說是手術治療肛瘺一種方法而已。

　　肛瘺不同于身體其它部位的感染，由于發生在肛門直腸附近，在肛門或直腸腔內有一固定感染來源，即內口。同時病灶位于肛門括約肌內，括約肌的舒張和收縮會影響膿液的排出。因此說：肛瘺一旦發生，不論輕重，就沒有自愈的可能。藥物治療也只會減輕癥狀，臨床只有通過手術治療才能達到治愈目的。肛瘺手術的目的是切開瘺管，清除內口，徹底消除感染來源，使瘺管引流通暢。讓新生的肉芽組織由創底向上生長，逐漸填平創口。

　　低位肛瘺怎么治好？北京東大肛腸醫院率先引進HCPT微創術，該技術最新一代美國進口全電腦多功能肛腸治療系統HCPT操作。治療肛瘺后復發率極低，治療過程無疼痛、不出血、快速、徹底，無需住院，不影響工作。低位肛瘺一般位置較淺，手術對肛門括約肌的損傷不大，不存在因手術引起肛門功能喪失的問題。因此，低位肛瘺的治療原則是將瘺管全部切開，必要時將瘺管周圍瘢痕組織同時切除，使傷口自基底向上逐漸愈。