臨床表現多種多樣。在生殖器溫度較低而且干燥部位的損害常常表現為小而扁平狀，而在溫熱、濕潤部位者常呈絲狀或乳突瘤狀。初起為細小淡紅色丘疹，后逐漸增大加多相互融合，表面凹凸不平，濕潤柔軟，呈乳頭瘤樣，雞冠樣，草樣，蕈樣或菜花樣突起，紅色或污灰色，根部常有蒂，且易發生糜爛滲液，易出血。皮損裂縫間常有膿性分泌物郁積其中，致有惡臭，自覺有癢感且每因搔抓而引起繼發感染。由于不斷受到局部潮濕與慢性刺激的作用，往往迅速增長。有的女性患者甚至從外陰至陰道、宮頸等處都長滿了一片毛棘或很多小菜花狀突起，好似玫瑰色的芒刺或雞冠花。濕疣的數目少則數個，多則十余個，數十個以至百個之多。極少數病人由于治療不及時，使濕疣長得很大，成為巨大濕疣，可向深部穿透，產生很多瘺管通向尿道或經5-40年惡變為癌腫。發生在直腸內大的濕疣可引起里急后重感。當妊娠期體內激素水平劇變時，生殖器的供血豐富，機體免疫功能又有所下降，故生殖器疣的體積也迅速增大，甚至達到阻塞產道的程度。分娩時往往使疣體摩擦撕裂出血，由于其組織脆弱，會給縫扎止血帶來困難。有的濕疣在妊娠末或分娩后可以自然縮小以至消退。一般無明顯自覺癥狀，介有瘙癢感，潮濕感或摩擦感。如有繼發感染時可伴有疼痛，陰道和宮頸有損害時表現為白帶增多或性交后出血。巨大皮疹可引起局部異物感或因摩擦而引起疼痛。性交時癥狀可能加重。
　　
　　部分病例為亞臨床感染或HPV病毒攜帶者，無肉眼可見的臨床表現。孕婦患尖銳濕疣后，人乳頭狀瘤病毒可通過分娩過程傳染給嬰兒，使之發生喉頭疣及引起喉部乳頭狀瘤。即使母體感染后無臨床癥狀，病毒也可通過血液或胎盤傳播給胎兒，所以患有此病的婦女足月妊娠時，以做剖腹產術為妥。