本病的病原體是人類乳頭瘤病毒(HPV)，屬DNA病毒。人體皮膚及粘膜的復層鱗狀上皮是HPV的唯-宿主，尚未在體外培養成功。病毒顆粒直徑為50～55nm。這是非常小的，一般光學顯微鏡是不能看到的，只有借助電子顯微鏡才能看到。
　　
　　人類乳頭瘤病毒的類型很多，近年來分子生物學技術研究發展迅速，證實人類乳頭瘤病毒有60種以上的抗原型，即這一家族里有60多個相似而又不同的病毒 (亞型)，其中至少有10個類型與尖銳濕疣有關(如6，11，16，18及33型，最常見6、11型)，而第16，18型，則是國外目前研究宮頸ai、外陰ai甚至陰莖ai的最熱門的病毒因子，其長期感染與女性宮頸ai的發生有關。
　　
　　與尋常疣、扁平疣、絲狀疣、掌跖疣等，同為感染人類乳頭瘤病毒 (HPV)引起。但不同類型的HPV能引起不同的疣。如Ⅰ型主要引起掌跖疣，Ⅱ型主要引起尋常疣，Ⅲ型主要引起扁平疣，而主要是由Ⅵ型、Ⅺ型病毒感染所引起。HPV在溫暖潮濕的環境中特別易生存增殖，故男女兩性的外生殖器是最易感染的部位。病毒可自身接種，因此發生于肛門等部位的損害常出現于兩側接觸面。