大量研究表明導致尖銳濕疣復發的因素較多，其中包括一些HPV再感染等因素。
　　
　　1、尖銳濕疣損害和/或HPV未被徹底去除
　　
　　尖銳濕疣損害和/或HPV未被徹底去除是造成尖銳濕疣復發的重要因素之一。有學者發現尖銳濕疣經治療去除疣體后仍有45%的患者存在HPV潛伏感染, 其中67%的患者表現復發。這表明HPV未被機體徹底清除，殘留的尖銳濕疣病變或潛伏HPV感染是尖銳濕疣復發的主要原因。作者認為在尖銳濕疣治療過程中每一種外用療法只要仔細操作，尤其是掌握達到徹底去除HPV感染的組織范圍和深度則會大大減少尖銳濕疣復發。但在臨床治療過程中并非都能做到這一點，這與操作者技術水平有密切的關系。
　　
　　在前面已敘述HPV感染部位主要在表皮，尖銳濕疣自表皮向外生長，故無論是外使用物還是用激光療法等治療，其治療深度應達到表皮基底細胞層上方，治療范圍應超過尖銳濕疣損害邊緣1～2mm才能將尖銳濕疣病變組織清除干凈。然而，在臨床治療過程中即便是做到這點，仍有少數尖銳濕疣患者治療后復發。朱文元等研究發現在少數尖銳濕疣患者的真皮內檢測到HPV DNA ,這一結果表明在尖銳濕疣復發病例中除了皮膚表皮內存在HPV外,真皮內存在HPV是尖銳濕疣復發的另一重要原因。
　　
　　問題是既然HPV是一種嗜表皮的病毒，為什么HPV會存在于真皮中呢？有幾種可能的解釋：
　　
　?、儆捎谄つw對HPV感染的炎癥反應，導致HPV DNA的釋放，如炎癥引起基底細胞液化變性可以導致HPV顆粒釋放到真皮乳頭；
　　
　?、谝阎滩』颊叩谋砥だ筛駶h斯細胞、淋巴細胞和單核細胞內可以含有HIV，上述細胞在尖銳濕疣表皮內可能吞噬HPV DNA,他們可以從表皮游走到真皮；
　　
　　③HPV病毒血癥導致真皮內含有HPV，但由于用免疫學的方法未能在血清中發現病毒，故此種可能性極小。
　　
　　2、尖銳濕疣接種感染
　　
　　前面已提到在激光療法和手術切除療法等治療的過程中可能將含有HPV的病變組織污染其他部位，如對尖銳濕疣病變周圍和遠端皮膚黏膜的接種而發生尖銳濕疣。
　　
　　3、被HPV污染的物品
　　
　　在尖銳濕疣的傳播途徑中已敘述其間接傳染途徑，這也可能成為尖銳濕疣復發因素之一。如患者用過的被HPV污染的毛巾等未加處理，再次接觸后可造成尖銳濕疣復發。Bergeron等觀察還發現被HPV污染了的內褲也是尖銳濕疣復發的原因。
　　
　　4、性伴HPV感染或尖銳濕疣存在
　　
　　患者的性伴有HPV感染或尖銳濕疣未徹底治療，患者尖銳濕疣治愈后如再次與其性接觸后就可以引起尖銳濕疣復發。
　　
　　5、尖銳濕疣亞臨床表現與HPV潛伏感染
　　
　　尖銳濕疣亞臨床表現與HPV潛伏感染存在是引起尖銳濕疣及其復發的最重要的因素。Erpenbach等報道廣泛黏膜的尖銳濕疣亞臨床表現和HPV潛伏感染可能引起30%~70%尖銳濕疣病例的復發。周華等應用PCR技術檢測發現在非皮損區HPV陽性者中有37.5%復發。
　　
　　6、機體免疫系統的完整性
　　
　　如前所述尖銳濕疣患者免疫系統發生變化在尖銳濕疣發生發展與消退中起著重要作用。因此，各種內外因素引起機體免疫功能下降，使機體免疫應答的調節紊亂，最終導致完整的細胞免疫系統平衡失調或缺陷是尖銳濕疣復發惡性循環中的一個很重要的因素。
　　
　　7、其他
　　
　　引起復發的其他因素中有患者個人不良衛生習慣、男性包皮過長、女性各種外陰陰道感染以及其引起的分泌物增多造成局部的潮濕環境等。