治療非淋菌性尿道炎的藥物，主要是用廣譜抗生素，如四環素、強力霉素、美滿霉素、紅霉素、土霉素等。

如果是孕婦或哺乳婦女，不宜使用四環素，可選用土霉素或紅霉素。如果用后，仍然炎癥未消，就應檢查是否為陰道滴蟲、念珠菌或皰疹病毒所感染。如是，則改變治療藥物，即可收效。如果不是這類病原體所致，則應考慮是否與配偶、性伙伴仍保持性接觸，而配偶和性伙伴患有非淋菌性尿道炎，造成反復感染所致。