微波治療是進入90年代后興起的治療方法。它的原理是利用微波的高頻震動，使疣體內部水分蒸發，壞死脫落。微波治療的特點是，疣體破壞徹底，不易復發，但創面恢復較慢，容易繼發感染。所以微波治療特別適用于治療疣體較大的，孤立、散在的，同時要遠離包皮系帶的尖銳濕疣，以防損傷包皮系帶，影響男性的性功能。