淋病的病原體是淋病雙球菌，呈卵圓形或豆形，成對排列，故名淋病雙球菌，革蘭氏染色陰性（一種常用的染色方法，可用于檢查細菌），又稱奈瑟氏雙球菌（由于淋球菌是由Neisse ria Gonorrhoea首先發現的），大小為0.6μm×0.8μm，只有在高倍的顯微鏡下才能看到。淋球菌由核質、細胞漿、細胞膜和細胞壁等構成。淋球菌對理化因子的抵抗力較弱， 42℃ 20分鐘即可使其全部死亡，因此加熱即很容易達到消毒目的。干燥條件也不適合淋球菌生長。淋球菌對各種消毒劑也很敏感。但是，淋球菌容易產生耐藥菌珠，目前臨床上發現絕大多數感染者為耐藥菌株的感染，即產β-內酰胺酶的耐青霉素淋球菌株（簡稱PPNG），這給治療增加了難度，故得病后一定要找有經驗的大夫治療，以免治療不徹底。